Ash Ketchum és színes társasága ismét nagy próbatétel előtt áll. Lawrence III, a repülő gépezetén száguldozó kapzsi Pokémon-gyűjtő káoszt teremt a Világegyetemben azzal, hogy felbontja a természet egyensúlyát. Elrabolja a három Pokémon madarat, (Moltres, Zapdos és Articuno) amely a tüzet, villámot és a jeget uralja. Hamarosan Lugia, a tengeri Pokémon is a gonosz áldozatává válik. Ash, Misty és a többiek gyorsan akcióba lépnek, hogy megakadályozzák a teljes pusztulást.