Az Animoval vívott harc során az önfejű, éppen hősként küzdő Ben nem hallgat Maxre és Gwenre és elnyeli őt egy furcsa fényerő. Fogalma sincs róla, hogy ezzel elindult az Omnitrix önmegsemmisítő funkciója és a gép jeleket küld Tetraxnak (a gyémántfejű idegennnek). Tetrax eljön a Földre és elmondja Bennek, hogy el kell utazniuk az űrbe és meg kell keresniük Azmuthot, az óra készítőjét. Ő az egyetlen, aki meg tudja állítani az órát a pusztításban és így meg tudja menteni Bent, valamint a galaxist. Bennek útközben nemcsak Vilgax-szal és a drónjaival kell megküzdenie, hanem Gwennnel is, aki folyamatosan a nyomában van, mert nem hiszi el, hogy Ben egyedül is képes megbírkózni a feladattal. Miután megérkeznek egy veszélyes börtönbolygóra, ahol tudomásuk szerint Azmuthot is fogva tartják, nekilátnak a kiszabadításához, azonban hamarosan kiderül, hogy valójában Azmuth bolond asszisztensét, Myaxxot szabadították ki. Később Myaxx vezeti el őket tovább egy távoli bolygóra, ahol Azmuth él.
Útközben hőseink vakmerő csatába keverednek Vilgax-szal és drónjaival az űrben és Ben rendkívül hősiesen viselkedik. Miután sikerül hőseinknek egy időre leküzdeniük Vilgax-ot, Ben és Gwen szövetkezik egymással, hogy kényszerleszállást tudjanak végrehajtani az űrhajóval. Ezután mindenki Azmuth keresésére indul, kivéve Gwent, akit elraboltak a földönkívüliek. Ben teljesen összetörik, amikor ráébred arra, hogy milyen önző módon viselkedett. Miután megtalálják Azmuthot, Bennek sikerül meggyőznie az óra készítőjét, hogy állítsa meg az önpusztító szerkezetet. Ez a jó hír, a rossz hír pedig az, hogy Vilgax megtalálja őket és kemény küzdelmet indít ellenük, Gwen azonban újra megjelenik és egyesíti erejét hőseinkkel. Ben újra földönkívülivé válik, az óriási Way Biggé, hogy legyőzze Vilgaxot és drónjait. Hőseink visszatérnek a Földre, a galaxis megmenekül, az Omnitrix visszaváltozik eredeti alakjává és Ben pedig végre rájön, hogy nem csak saját magával kell foglalkoznia.