Phineas és Ferb számára egy váratlan pillanatban végül kitudódik, hogy a kedvelt kis háziállatuk, akinek neve az, hogy Kerry, nem más mint egy kacsacsőrű emlős, de egy titkos ügynök is, aki napról, napra próbálja a gonosz erőkkel szemben felvenni a küzdelmet. A főhősök elhatározzák, hogy mellé állnak és kiveszik a részüket a hatalmas kalandból. Amire meggondolják maguk, már máris egy másik dimenzióban kerülnek, ahol a rettentően nagyon kegyetlen Dr. Doofenshmirtz uralkodik. Már át is vette az uralmat a környék felett. A kis társaság leleplezi Dr. Doofenshmirtz óriási tervét. Mindhármójuknak, valamint az alteregóiknak össze kell tartaniuk, hogy kivédjék Dr. Doofenshmirtz visszatérését. Mert vissza akar térni az ők valódi világukba, ahol szintén azt tervezi, hogy átvegye a hatalmat.